السر في أعينهم تدور أحداث الفيلم حول المستشار القانوني المتقاعد راي الذي يكتب رواية على أمل العثور على حل أخير لواحدة من قضايا القتل القديمة التي لم تحسم في حينها، على الرغم من مرور 25 عامًا على وقوعها، وأثناء بحثه في الماضي، يثير ذكريات في عقله مر عليها عقود، منها حب قديم لازال يطارده بعد كل هذه المدة.